Sơ lược cốt truyện

Kaname Madoka là một cô nữ sinh năm 2 bình thường ở trường trung học Mitakihara. Cô có hai người bạn thân là Miki Sayaka và Shizuki Hitomi. Một buổi đêm, cô mơ thấy một giấc mơ kỳ lạ, trong đó có một cô gái đang chiến đấu với phù thủy, sáng hôm sau bỗng có một nữ sinh bí ẩn chuyển đến lớp Madoka, có ngoại hình hệt như cô gái trong giấc mơ của cô - Akemi Homura. Bằng cách nào đó, Homura gần như biết rất rõ về Madoka. Trong lúc đi nghe nhạc cùng Sayaka, cả Madoka và Sayaka đều nghe được tiếng kêu cứu phát ra từ một khu vực vắng người trong trung tâm giải trí. Khi đến nơi phát ra tiếng kêu cứu, Madoka tìm thấy một sinh vật kỳ lạ đang bị thương - Kyubey, đồng thời cô gặp Homura ở đó trong bộ trang phục của một Mahou Shoujo, Homura đang cố giết Kyubey, vì lẽ đó, Madoka cho rằng Homura là một con người độc ác và lạnh lùng. Sau khi cùng Sayaka bỏ chạy khỏi Homura, cả Madoka và Sayaka lạc vào kết giới của một phù thủy. Trong lúc cả hai sắp bị tấn công, một cô gái đã cứu Madoka và Sayaka, cô gái đó có mái tóc màu vàng cũng mặc bộ đồng phục trường Mitakihara, nhưng là học sinh năm ba - Tomoe Mami. Cô đã biến đổi trở thành một Mahou Shoujo và tấn công phù thủy trước ánh mắt kinh ngạc của Madoka và Sayaka. Sau khi chữa trị cho Kyubey, Kyubey đã yêu cầu cả Madoka và Sayaka trở thành Mahou Shoujo, với một điều ước kèm theo. Cả Madoka và Sayaka đều theo Mami để hiểu hơn về công việc của một Mahou Shoujo, và cả hai cảm thấy công việc này rất thú vị sau khi thấy Mami tiêu diệt phù thủy Gertrud, Madoka và Sayaka bắt đầu suy nghĩ về điều ước của mình.Trong lúc gần như đã quyết định được điều ước, thì phù thủy Charlotte xuất hiện. Mami đã trói Homura lại để tránh Homura can thiệp vào công việc của cô, mặc dù Homura đã khuyên rằng trận chiến này rất nguy hiểm. Mami đã bất chấp chiến đấu một mình, và vì quá chủ quan vào kinh nghiệm của mình nên cô đã bị Charlotte giết chết. Gần như Madoka và Sayaka bị dồn vào đường cùng và buộc phải trở thành Mahou Shoujo do Charlotte định tấn công cả hai cô, Homura đã xuất hiện và tiêu diệt Charlotte, giải thoát cho cả hai. Madoka bắt đầu thấy sợ hãi việc trở thành Mahou Shoujo, dù bản thân cô rất muốn làm gì đó có ích.Về Sayaka, cô có một cậu bạn tri kỷ, cũng là người cô có tình cảm - Kamijo Kyousuke, là một tay violin tài ba, vì một tai nạn đã khiến cho tay của cậu bị liệt. Sayaka muốn dùng điều ước của mình để giúp cậu, dù có rất nhiều suy nghĩ trái chiều. Trong lúc đó, Madoka lại rơi vào kết giới của phù thủy Elly, và Sayaka đã đến giải thoát cho Madoka trong hình dạng Mahou Shoujo khiến Madoka rất bất ngờ, sau nhiều lần suy nghĩ, Sayaka cũng đã quyết định dùng điều ước của mình cho Kyousuke, cô đã tiêu diệt phù thủy Elly. Madoka đã đề nghị đi theo Sayaka cùng săn phù thủy. Lần tiếp theo, Sayaka tìm thấy một ác linh và muốn tiêu diệt nó, nhưng một Mahou Shoujo bí ẩn khác đã xuất hiện ngăn cản cô, với lý do để cho ác linh đó giết thêm người và trở thành phù thủy mới có được Grief Seed. Mahou Shoujo bí ẩn - Sakura Kyouko đã cùng Sayaka đấu một trận sinh tử, và Homura đã đến giải cứu cho Sayaka.Trong lần tiếp theo Sayaka gặp lại Kyouko, cả hai định tiếp tục đấu một trận sống còn, nhưng Madoka đã ném Soul Gem của Sayaka đi, khiến cô chết tạm thời, lúc này bí mật của Soul Gem được phát hiện khiến Kyouko cũng rất hoảng loạn. Sayaka nghĩ rằng một khi linh hồn cô đã bị trục xuất và biến thành Soul Gem, thì cơ thể cô chỉ còn là cái xác không hồn - không khác với xác sống, không thể đến với Kyousuke. Cô vẫn tiếp tục săn phù thủy, và chiến đấu với phù thủy Elsa Maria - ác linh cô đã từng muốn tiêu diệt - một cách điên cuồng, gần như cô không còn biết đau đớn, không còn quan tâm đến cơ thể không hồn của mình và mặc cho Elsa Maria tấn công, cô đáp trả lại Elsa Maria một cách tàn nhẫn. Kyouko cũng đồng cảm với sự hoảng loạn của Sayaka hiện tại, và từ địch thủ cả hai đã trở thành bạn, Kyouko đã kể cho Sayaka nhiều thứ. Sau khi Kyousuke được xuất viện và đi học trở lại, Sayaka biết được cô bạn thân của mình Hitomi cũng rất thích Kyousuke, nghĩ mình không còn xứng đáng có được tình cảm của cậu, Sayaka đã nhường Kyousuke lại cho Hitomi và trở nên suy sụp, Soul Gem của Sayaka bị vấy bẩn rất nhiều nhưng cô không dùng Grief Seed để thanh tẩy nó, mặc cho đến khi Soul Gem trở nên đen kịt, cộng với sự tuyệt vọng và Soul Gem của Sayaka biến thành Grief Seed trước sự chứng kiến của Kyouko, Sayaka trở thành phù thủy Oktavia von Seckendorff, bí mật cuối cùng của Soul Gem đã được phát hiện. Kyouko đã hợp tác với Madoka cứu Sayaka, nhưng không thành công, Kyouko tự sát để được đến bên Sayaka.Về Homura, Kyubey phát hiện cô có khả năng ngưng đọng và quay ngược thời gian. Việc cô biết rất rõ về Madoka, Kyouko và sự xuất hiện của phù thủy Walpurgis Night sắp tới là kết quả của việc cô quay ngược thời gian nhiều lần. Homura từng là một cô bé nhút nhát chuyển đến lớp Madoka, và được cả Madoka và Mami giải cứu khi đang trên đường về nhà rơi vào kết giới của phù thủy. Lần gặp phù thủy Walpurgis Night, cả Mami và Madoka đều tử nạn, Homura đã dùng điều ước của mình để quay ngược thời gian gặp lại Madoka và trở thành Mahou Shoujo. Cô đã được Mami và Madoka hỗ trợ rất nhiều, nhưng lần gặp lại này Madoka thay vì chết đã trở thành phù thủy trong trận chiến với Walpurgis Night. Homura lại quay ngược thời gian một lần nữa, lần quay ngược này, cả nhóm Mahou Shoujo chứng kiến Sayaka trở thành phù thủy và Homura đã tiêu diệt Sayaka. Mami điên cuồng khi biết rằng Mahou Shoujo trước sau gì cũng sẽ trở thành phù thủy, và bắn nát Soul Gem của Kyouko giết chết cô, định quay sang bắn cả Homura. Madoka đã kịp giết Mami trước khi cô bắn Homura. Chỉ còn lại hai người chiến đấu với Walpurgis Night, và cuối cùng Soul Gem của cả hai đã đen kịt sau trận chiến đó, Madoka đã dùng viên Grief Seed cuối cùng của mình thanh tẩy Soul Gem của Homura, yêu cầu cô quay về quá khứ và cứu Madoka khỏi sự cám dỗ của Kyubey. Thời gian quay ngược một lần nữa, trong trận chiến với Walpurgis Night lần thứ 3, Madoka vẫn bị Kyubey lừa trở thành Mahou Shoujo (giấc mơ của Madoka), và trở thành phù thủy ngay sau khi tiêu diệt Walpurgis Night. Homura quay ngược thời gian một lần nữa, dẫn đến chuỗi thời gian hiện tại. Homura ra sức ngăn cản việc Madoka trở thành Mahou Shoujo, cho đến trận chiến với Walpurgis Night lần thứ 4 thì cô đơn độc một mình chiến đấu và đã thất bại trong việc tiêu diệt Walpurgis Night, biết việc quay ngược thời gian lần nữa là vô dụng, cô đã tuyệt vọng. Madoka cũng quyết định trở thành Mahou Shoujo, với điều ước sẽ không còn phù thủy nào trên thế gian. Madoka trở thành thượng đế, cứu các Mahou Shoujo trên khắp thế giới, đồng nghĩa với cái giá phải trả là cô biến mất khỏi thế gian, khỏi tâm trí của tất cả mọi người. Không còn ai nhớ, biết Kaname Madoka là ai, ngoại trừ hai người: Akemi Homura và Kaname Tatsuya - em trai của Madoka.